新型コロナウイルスの今後の対策費にあてるため、彦根市は市新型コロナウイルス感染症対策支援基金を創設。「新型コロナに負けるな！ひこね支え合い寄付金」と銘打ち、個人や企業・団体から寄付を募っている。
市はこれまでの市民や企業の寄付、市の財政調整基金、市特別職や市議の期末手当（ボーナス）の減額分の計1億314万円を同基金に積み立てた。さらに今後の対策費や「第2波」に備えて同基金に積み立てるための寄付を幅広く募っている。同基金は地域経済の回復に必要な資金や市民生活の支援、感染拡大防止に充てられる。
寄付の申し込み方法は、オンラインの場合が市のホームページの専用フォームに寄付金額など必要事項を入力した後に送信し、市から送られてくる納付書を使って金融機関などで寄付金を納める。
郵送の場合はアルプラザ彦根3・4階の仮庁舎か支所・出張所、市ホームページにある申込書に必要事項を書いて市へ郵送し、オンラインと同様の手続きで納付する。市障害者福祉センター（平田町）内の彦根市市民生活・経済再生支援室の窓口へ持参しての寄付も受け付けている。
本社が彦根市外の企業が寄付する場合、企業版ふるさと納税の活用が可能になる場合もあり、法人関係税から税額控除される。問い合わせは、市民生活・経済再生支援室 TEL: 0749-30-6149。